第一阶段：事业体制科研院所（1987-2002）

前身为国家科委于1983年12月批准成立的北京药物制剂研究所、1985年4月先后批准成立的中药研究所和生物技术所。

1987年2月，国家科委批准三个单位合并成立中国医药研究开发中心，隶属于国家医药管理局，是中直医药科研事业单位。中国工程院院士沈家祥曾先后担任我中心第一任主任、名誉主任。

2001年，科研体制改革，整建制进入北京医药集团有限责任公司。

第二阶段：科研体制改革的转型期（2003-2010）

2003年，改制注册为有限公司，由北京医药集团控股，北京紫竹药业有限公司和北京医药股份有限公司参股。

2005年，北京医药集团正式成立了以中国药研为依托的北京医药集团中央研究院，并正式在中国药研挂牌。

第三阶段：成为华润医药创新药物研发的支柱（2011-今）

2011年，随着华润医药集团与北药集团的重组，中国药研进入了华润医药集团体系。

2012年12月，北药集团完成了对中国药研的股权收购，中国药研成为华润医药全资的新药研发机构。